《建设工程施工合同（示范文本）》第六部分关于合同文件构成表明：本协议书与下列文件一起构成合同文件：
1、中标通知书（如果有）；
2、投标函及其附录（如果有）；
3、专用合同条款及其附件；
4、通用合同条款；
5、技术标准和要求；
6、图纸；
7、已标价工程量清单或预算书；
8、其他合同文件。
从示范文本的内容来说，《施工组织设计》不是合同文件。《施工合同示范文本》关于承包人的义务中第4点规定，按合同约定的工作内容和施工进度要求，编制施工组织设计和施工措施计划，并对所有施工作业和施工方法的完备性和安全可靠性负责；施工组织设计是在签订合同后由承包人编制的文件。除专用合同条款另有约定外，承包人应在合同签订后14天内，但至迟不得晚于开工通知载明的开工日期前7天，向监理人提交详细的施工组织设计，并由监理人报送发包人。
除专用合同条款另有约定外，发包人和监理人应在监理人收到施工组织设计后7天内确认或提出修改意见。对发包人和监理人提出的合理意见和要求，承包人应自费修改完善。根据工程实际情况需要修改施工组织设计的，承包人应向发包人和监理人提交修改后的施工组织设计。施工组织设计是需甲方批准，施工过程中也是可以根据实际情况进行调整和修改的。
需要注意的是，如果施工组织设计的变化属于合同变更，那就应该走变更估计程序。首先，《工程量清单计价规范》6.2.3规定，分部分项工程和措施项目中的单价项目，应根据招标文件和招标工程量清单项目中的特征描述确定综合单价计算。6.2.4规定，措施项目中的总价项目金额应根据招标文件及投标时拟定的施工组织设计或施工方案，按本规范第3.1.4条的规定自主确定。单价项目通常直接根据清单中的特征描述来确定综合单价，总价项目中则根据施工组织设计或施工方案确定总价金额。
结算时，分部分项工程和措施项目中的单价项目应依据发承包双方实际确认的工程量与已标价工程量清单的综合单价进行计算；总价项目则根据已标价工程量清单的项目和金额计算，发生调整的，再按照发承包双方确认调整的价格计算。《2013工程量清单计价规范》9.3.2规定，工程变更引起施工方案改变并使措施项目发生变化时，承包人提出调整措施项目费的，应事先将拟实施的方案提交发包人确认，并应详细说明与原方案措施项目相比的变化情况。拟实施的方案经发承包双方确认后执行，并应按照下列规定调整措施项目费。按照《清单计价规范》的逻辑，如果不是工程变更导致的施工组织设计和施工方案的改变，就不属于需要调整价格的情形。
《中华人民共和国标准施工招标文件（2007版）》第15.1条关于变更的范围和内容规定，除专用合同条款另有约定外，在履行合同中发生以下情形之一，应按照本条规定进行变更：
1、取消合同中任何一项工作，但被取消的工作不能转由发包人或其他人实施；
2、改变合同中任何一项工作的质量或其他特性；
3、改变合同工程的基线、标高、位置或尺寸；
4、改变合同中任何一项工作的施工时间或改变已批准的施工工艺或顺序。在《标准施工招标文件》中施工工艺的改变被认为是属于变更范围的。
《建筑工程施工发包与承包计价管理办法》第14条规定，发承包双方应当在合同中约定，发生下列情形时合同价款的调整方法：
1、法律、法规、规章或者国家有关政策变化影响合同价款的；
2、工程造价管理机构发布价格调整信息的；
3、经批准变更设计的；
4、发包方更改经审定批准的施工组织设计造成费用增加的；
5、双方约定的其他因素。16号令中也明确表示施工组织设计的变更会产生变更项目，需要进行价格调整。
上述四个文件中，《施工合同示范文本》没有涉及施工组织设计的改变会产生变更估价的内容；《清单计价规范》中只规定了工程变更时的施工组织设计改变才需要调整合同价格；《标准施工招标文件》和16号令中都表示改变经审批的施工组织设计属于变更，应该调整合同价格。
投标文件中的《施工组织设计》和施工前报审且经建设单位和监理批准的《施工组织设计》是不一样的，在二者不一致的情况下一般应该以后者为准。按照《清单计价规范》的规定，只有工程变更或设计变更引起的施工组织设计变化才需要调整措施项目和综合单价。所以改变经审批的施工组织设计不一定产生设计变更，也不一定需要走变更估价程序。如果施工单位改变施工方法产生了额外的费用，不应该向建设单位主张，同样如果施工单位改变施工方法降低了费用，建设单位也没有理由予以扣减。根据《清单计价规范》的规定，只有设计变更导致施工方案变化产生的变更才会需要变更估价。
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